怪物へと変身した蟻元(ありもと)に襲われた基町走太郎(もとまち･そうたろう)は、電脳騎士アルゴを自分の体内に入れる。そして、アルゴとともに蟻元を撃破した走太郎だったが、そこに蟻元を操っていた黒幕･電脳世界の神が出現する。走太郎のことをバグとみなして消去しようとする神に、アルゴは戦いを挑んでいく。