고도로 발달된 외계 문명을 가진 아틀란티스,바닷속에 가라앉은 아틀란티스를 찾아서 수리 일행의 또 다른 모험이 시작된다!아빠들과 같이 고고학자가 되기를 꿈꾸는 오메가 학교 7학년 수리, 사비, 마루. 어느 날, 수리는 외계 문명의 메시지를 듣게 되고, 친구들과 함께 문명의 발상지를 찾아 여행을 떠나게 된다. 그런데 수리 일행이 도착한 곳은 바닷속! 그곳엔 멸망한 줄 알았던 아틀란티스 문명이 살아 숨 쉬고 있었다. 수리 일행은 아틀란티스 인들과 지구의 운명을 구하기 위해 함께 모험을 떠나게 되는데...! 과연 수리는 지구를 구할 수 있을까?