然而，自元世祖打破推選慣例自即帝位，爭奪帝位紛爭遂起，朝政往往為權臣乘機操縱，加上元朝又實行種族統治，將全國分為四個社會階層，蒙古人享有各種特權，使得漢人在政治上、社會上極不平等。西元1347年，政治益加腐敗，賦斂峻急，沿岸盜賊亂起，各地民變蔓延，黃河潰決成災，社會一片混亂，元朝內部又將帥相爭、權臣亂政，終於釀成紅巾軍反元大起義。韓林兒、劉福通領導的農民革命隊伍分路北伐，元軍一路潰散，惜革命義軍未集中力量，以致無法一舉推翻元室的中央政權。對於南方起兵的群雄，元朝始終無法壓制，朱元璋就在紅巾軍中漸漸發展起來，後來脫穎而出，成為推翻元朝的主力。西元1368年，朱元璋稱帝，建國號明，以應天（今南京）為根據地，採取「先南後北」的策略，同年，攻陷大都，元順帝北逃，元朝正式告終，中國重歸漢族統治。